...

Eind vorig jaar ontstond in Wuhan een uitbraak van ernstige pneumonie. Bijna onmiddellijk werd dit in verband gebracht met een plaatselijke markt waar levende dieren werden verkocht.Op 7 januari konden onderzoekers bij een patiënt een nieuw virus isoleren en het genoom daarvan met sequencing omschrijven. Het virus kreeg de weinig invoelbare naam 2019-nCov mee. Het genoom was voor 70% identiek met dat van SARS-CoV, het coronavirus dat verantwoordelijk was voor SARS.SARS (severe acute respiratory syndrome) dook op in China in 2002 en besmette zowat 3.000 mensen, met een mortaliteit van ongeveer 11%. De pandemie doofde nadien uit. Maar in 2012 veroorzaakte een nieuw dodelijk coronavirus vanuit Saudi-Arabië MERS (Middle East Respiratory Syndrome). Dit virus blijft circuleren. Tussen het begin van de uitbraak in 2012 en december 2019 werden 2.456 gevallen van infectie biologisch bevestigd. De sterfte met het MERS-CoV bedraagt 34%.Met de uitbraak in Wuhan zijn onderzoekers snel te werk gegaan. Tegen half januari hadden ze op stalen afgenomen bij patiënten het genoom van 19 virusstammen ontcijferd. Het virus dat momenteel in Wuhan circuleert is nauw gerelateerd aan dat van SARS en andere coronavirussen die in omloop zijn bij vleermuizen. Deze dieren zouden dus het primaire reservoir zijn. Maar het is nu een prioriteit om uit te zoeken welk dier op de markt van Wuhan het virus onder mensen heeft verspreid. Als men dat weet, kan men maatregelen nemen om verspreiding tegen te gaan.Om uiteenlopende redenen proberen onderzoekers kort op de bal te spelen. Eind vorige week verscheen al een artikel in Journal of Medical Virology waaruit moest blijken dat slangen de 'intermediaire' dieren zouden zijn. De onderzoeksgroep rond Wei Ji baseerde zich daarvoor op het gebruik van codons, één van de mechanismen die een virus aanwendt om zich aan zijn gastheer aan te passen.Codons zijn sets van drie nucleotiden die ieder coderen voor een aminozuur, dat uiteindelijk opgaat in de structuur van eiwitten. Nu heeft het genoom van levende cellen repetitieve codons. Anders gezegd, per aminozuur zijn verschillende codons beschikbaar. Wel hebben cellen een voorkeur voor het gebruik van sommige van die codons.De betekenis hiervan is niet helemaal duidelijk. Maar één van de manieren waarop virussen zich aanpassen aan hun gastheer bestaat erin de voorkeur voor bepaalde codons over te nemen. Als ze een cel infecteren, leggen ze beslag op de eiwitsynthese van de gastheer. Gedacht wordt dat ze dat het liefst doen door gebruik van de codons die ook de voorkeur van de gastheer wegdragen, omdat ze er hem op die manier van weerhouden voor eigen gewin te werken. Met andere woorden, het is een strategie om de gastheer en zijn verdedigingsmechanismen te verzwakken.Wei Ji en medewerkers zagen hierin een aanknopingspunt om het dier te vinden dat op de markt van Wuhan de nieuwe epidemie had veroorzaakt. Ze vergeleken de codonvoorkeuren van 2019-nCov met die van verschillende dieren, zoals egels, schubdieren, vleermuizen, kippen, slangen én mensen. De grootste overeenkomst vonden ze met twee slangenrassen, waaronder de Chinese cobra, die op de markt van Wuhan inderdaad te koop wordt aangeboden.Deze conclusies werden door andere wetenschappers op staande voet weggelachen. Het lijkt onwaarschijnlijk dat een dier dat op de markt van Wuhan werd verkocht, zo'n lange tijd met het 2019-nCov besmet is geweest, zeggen ze. De aanpassing aan de codons van de gastheer neemt immers flink wat tijd in beslag. Bovendien zijn er geen aanwijzingen dat coronavirussen andere dieren dan vogels en zoogdieren kunnen besmetten. De meeste experts denken dat men de bron van besmetting alleen zal kunnen opsporen door genetisch onderzoek op stalen die uitgebreid worden afgenomen bij dieren en in kooien. En waarschijnlijk komt er een zoogdier uit de bus.