...
Wetenschappers vermoeden al lang dat genetische factoren een verklaring zouden kunnen vormen voor de verschillen in ernst van een Covid-19. Vorig jaar is een studie (1) gepubliceerd die heeft aangetoond dat een DNA-segment op chromosoom 3 (locus 3p21.31) correleert met een verdubbeling van het risico op overlijden aan complicaties van Covid-19 bij volwassenen jonger dan 65 jaar. Hoe dat in zijn werk gaat en over welke genetische variatie het precies gaat, wisten de wetenschappers nog niet.Om dat verder uit te vlooien, heeft een groep van de Universiteit van Oxford spitstechnologie toegepast. Ze hebben een algoritme van machine learning getraind met enorme hoeveelheden genetische informatie afkomstig van honderden soorten cellen van over het hele lichaam teneinde na te gaan of het genetische signaal invloed heeft op de longcellen.Met een zeer precieze techniek hebben ze ingezoomd op het DNA van het genetische signaal. Zo hebben ze onderzocht hoe de miljarden DNA-letters in een cel geassembleerd worden om het specifieke gen te lokaliseren dat gecontroleerd wordt door de sequentie die het risico op een ernstige Covid-19 na een sars-CoV-2-infectie verhoogt. Het betreft het LZTFL1-gen (Leucine Zipper Transcription Factor Like 1), een gen dat weinig is onderzocht en dat de sterfte aan ademhalingsinsufficiëntie bij Covid-19 zou verdubbelen (2)."Het is bijzonder moeilijk geweest die genetische variant te identificeren aangezien hij invloed uitoefent op een niet-coderend gedeelte van het genoom", zegt prof. Jim Hughes. "Het hogere risico is niet toe te schrijven aan een verschil in codering van een eiwit, maar aan een verandering in het DNA die het gen aanzet. Zo'n indirect effect is veel moeilijker te detecteren."Volgens de auteurs dragen 60 % van de mensen van Zuid-Aziatische origine en 15 % van de mensen van Europese origine die gevaarlijke versie van het gen. Dat verklaart ten dele de hogere sterfte en het hogere aantal ziekenhuisopnames in de eerste groep en met name in gemeenschappen op het Indische subcontinent.De studie leert ook dat slechts 2 % van de mensen van Afro-Caraïbische origine dat genotype vertoont. Dat betekent dus dat die genetische factor de hogere sterfte in zwarte gemeenschappen en etnische minderheden niet volledig verklaart. "Ook sociaaleconomische factoren zouden kunnen verklaren waarom sommige gemeenschappen bijzonder hard worden getroffen door de pandemie", commentarieert prof. James Davies.De vorsers hebben vastgesteld dat de riskante versie van het gen ertoe leidt dat de epitheelcellen van de luchtwegen en de longen het virus niet goed kunnen bestrijden, maar geen invloed heeft op het immuunsysteem. De vorsers verwachten dan ook dat mensen met die variant normaal zullen reageren op vaccinatie. Ze hopen ook dat geneesmiddelen en andere behandelingen zullen worden ontwikkeld die gericht zijn op de weg die transformatie van het longepitheel naar minder gespecialiseerde cellen verhindert. Die zouden dan kunnen worden gebruikt bij patiënten die dreigen ernstige symptomen te krijgen.(referenties:(1) The New England Journal of Medicine, 15 oktober 2020, doi: 10.1056/NEJMoa2020283,(2) Nature Genetics, 4 november 2021, doi: 10.1038/s41588-021-00955-3)